3月23日から12日間（準々決勝翌日の休養日を含む）、阪神甲子園球場（兵庫県西宮市）で開催される「第91回 選抜高等学校野球大会」の出場候補校が、1月9日（水）に中沢佐伯記念野球会館（大阪府大阪市）で行われました「第2回運営委員会」（委員長：八田 英二・日本高校連盟会長）で承認されました。
21世紀枠9校と都道府県高校野球連盟からの推薦校119校の計128校（前年比2校減）になったそうです。
21世紀枠候補校が2018年12月14日（金）に発表され、
・北海道：北海道釧路湖陵高等学校→地区大会4強
・東北：宮城県古川高等学校（宮城）→秋季県大会準優勝、地区大会4強
・関東・東京：茨城県立石岡第一高等学校（茨城）
・東海：静岡市立清水桜が丘高等学校（静岡）→秋季県大会準優勝、前身の清水商時代に春夏甲子園計3回出場
・北信越：福井県立金津高等学校（福井）→2年連続2回目、秋季県大会準優勝
・近畿：大阪府立八尾高等学校（大阪）→春夏甲子園10回出場し、1952年夏の甲子園で準優勝
・中国：島根県立平田高等学校（島根）→第87回大会（2015年）以来2回目、秋季県大会準優勝
・四国：徳島県立富岡西高等学校（徳島）→第80回大会（2008年）以来3回目。地区大会4強
・九州：熊本県立熊本西高等学校（熊本）→秋季県大会準優勝、夏甲子園1回出場
の9校が9地区から推薦されたそうです。21世紀枠はこの9校から3校選ばれます。
この21世紀枠ですが、練習環境などの困難克服や地域貢献など、野球の実力以外の要素を選考条件に加え、甲子園出場を逃している学校に出場機会を広げることを目的に第73回大会（2001年）から設けられました。
その選考方法は、
第1次選考では、単独地区扱いとなる北海道を除く46都府県高野連が地域の毎日新聞支局などと協議し1校ずつ推薦。さらに8地区に分けて2次選考を行い、北海道を含む9地区で各1校の候補校を絞り込む。
センバツ選考委員会当日に「21世紀枠特別選考委員会」（委員長＝八田英二・日本高野連会長）を開いて3校を決める。特別選考委ではまず、東日本（北海道、東北、関東・東京、東海、北信越）と西日本（近畿、中国、四国、九州）から1校ずつ選び、残り1校は地域を限定せずに選出する。残った6校は一般枠の推薦校として、各地区小委員会での選考対象に加わる。
選考基準は、
21世紀枠はセンバツの招待大会としての特性を生かし、高校野球の模範的な姿を実践している学校を以下の基準に沿って選ぶ。
（1）秋季都道府県大会のベスト16以上（加盟校が129校以上の都道府県はベスト32以上）が対象
（2）以下の推薦例のいずれかに当てはまる学校。
・少数部員、自然災害など困難な環境の克服▽学業と部活動の両立
・数年間にわたって試合成績が良好ながら、強豪校に惜敗するなどして甲子園出場機会に恵まれていない
・創意工夫した練習で成果を上げている▽部外を含めた活動が他の生徒や地域に好影響を与えている。
一般選考枠は、29校で、
・北海道：2校
・東北：2校
・関東・東京：6校
・東海：2校
・北信越：2校
・近畿：6校
・中国・四国：5校
・九州：4校
とそれぞれに割り振られました。2018年秋の明治神宮大会で札幌大谷（北海道）が優勝。そのため、北海道に神宮大会枠の1枠が割り振られ、北海道からは2校出場することになりました。
出場32校を決める選考委員会は、1月25日（金）9時から、毎日新聞大阪本社で行われ、15時からの委員会総会で出場校が発表されます。
優勝、準優勝、参加章の各メダルは、京都市在住のデザイナー・佐川明日香氏が制作したものになるそうです。そして、始球式は近畿2府4県の小学生を公募するそうです。